El tiempo es un factor para tomar en cuenta a la hora de planear tu viaje a Puerto Leguízamo, y ten presente que las opciones más económicas generalmente están disponibles cuando el tiempo no es bueno. Por lo general, los meses más cálidos son septiembre y octubre, con una temperatura promedio de 25 °C, mientras que los meses más fríos son julio y junio, con un promedio de 24 °C. Los meses más lluviosos en Puerto Leguízamo son marzo, junio, mayo y abril, con un promedio de precipitaciones en cada mes de 411 mm.