A lo largo de la historia de Khujand, en el centro de la ciudad estuvo su fortaleza. Durante 2500 años, la fortaleza de Khujand se expandió con la ciudad, fue destruida por los conquistadores y reconstruida nuevamente. Después de las excavaciones arqueológicas, se descubrió que la primera fortaleza se erigió en los siglos VI-V aC y consistía en una muralla de terraplén convertida gradualmente en gruesos muros de arcilla cruda. Además, además de la fortaleza, había una muralla que cubría 20 hectáreas. Durante el apogeo de la Gran Ruta de la Seda, la fortaleza de Khujand fue reconstruida, así como la muralla de la ciudad. Sin embargo, la ciudad creció aún más, y se dividió en tres partes: la ciudadela, Rabad y Shahristán. En ese momento, la fortaleza de Khujand era considerada una de las ciudades más importantes de Asia Central. Sin embargo, la fortaleza fue destruida por el ejército de Genghis Khan. En 1219-1220. En 1999, se restauró parte de la pared oriental de la fortaleza de Khujan, que data de los siglos VIII-X.

En 1999, parte del muro oriental de la fortaleza de Khujan, que data de los siglos VIII-X, fue restaurado y construido junto al Museo de Historia y Conocimiento Local de Arqueología y Fortificación. Este museo contiene artículos para el hogar, cerámica y herramientas que se encuentran en el sitio de excavación de la fortaleza. En total, el fondo del museo contiene 1.200 exhibiciones, la mayoría de las cuales están disponibles para los visitantes.

Este gran conjunto conmemorativo, ubicado en la parte histórica de la ciudad, fue erigido en la tumba de Muslihiddin Khujandi, el gobernante de la ciudad de Khujand y poeta que vivió en el siglo XII. Sheikh Muslihiddin fue un hacedor de milagros santos. Al principio fue enterrado en la aldea de Unji (un suburbio de Khujand), pero sus admiradores trasladaron las cenizas del jeque a la ciudad y erigieron un mausoleo en este sitio. Fue en el siglo XII. Entonces el mausoleo era una pequeña cámara funeraria de ladrillos quemados, decorada con terracota. Esta tumba fue destruida durante la invasión mongol. En el siglo XIV, el mausoleo fue reconstruido nuevamente. Hoy, el Mausoleo Sheikh Muslikhiddin es un conjunto arquitectónico que consiste en una mezquita, un minarete del siglo XIX (más de 20 m de altura) y el mausoleo Sheikh Muslikhiddin.